2020.10 - Obecnie: Doktorant na Wydziale Biologii, Uniwersytet Jagielloński, Polska
2018.09 - 2020.06: Magister biologii, ze specjalizacją w ekologii zwierząt, Uniwersytet w Lund, Szwecja
2014.09 - 2018.06: Licencjat nauk biologicznych, Beijing Normal University, Chiny

Jestem zainteresowany procesami ewolucyjnymi leżącymi u podstaw zmienności genetycznej i fenotypowej w przyrodzie. Przez pierwsze kilka lat mojej kariery, jako student na studiach licencjackich, badałem ptaki i rośliny. Badałem ptasie pasożyty krwi, ich filogenezę i sposób, w jaki ptaki reagują na owe patogeny unikalnymi zachowaniami lęgowymi. W ramach mojej pracy magisterskiej pracowałem nad domowymi roślinami kwitnącymi, próbując zrozumieć ich ewolucję, systemy kojarzeń i cechy kwiatowe.

Kiedy przeniosłem się do Lund na studia magisterskie, badałem Wolbachię u ważek Ischnura elegans. Wolbachia jest jedną z najczęściej występujących bakterii symbiotycznych u owadów i jest mistrzynią w manipulowaniu ich biologią. To doświadczenie badawcze wprowadziło mnie w dziedzinę symbiozy zwierząt i drobnoustrojów u owadów. Wprowadziło mnie również w niesamowity świat mikrobiomu i skłoniło do zastanowienia się nad rolą mikrobów w ewolucji zwierząt i innych form życia.

Obecnie koncentruję się na ewolucji genomów bakterii symbiotycznych u piewików (Fulgoromorpha), grupy owadów należacych do Auchenorrhyncha (Rząd: Hemiptera), żywiących się sokami roślinnymi, .
Piewiki te są nosicielami dwóch endosymbiontów odżywczych, Sulcii i Vidanii, które dostarczają im niezbędnych aminokwasów, nieobecnych w diecie bazującej na sokach roślinnych. Genomy tych dwóch symbiontów są niezwykle małe (50-200 kb) i bardzo uproszczone w wyniku ~250 milionów lat koewolucji z gospodarzem. Dołączają do nich także inne symbionty, takie jak Sodalis. Mimo rozwoju nauki, różnorodność symbiontów, ich ewolucja i role w biologii piewików wciąż pozostają niejasne.

Do scharakteryzowania tych małych genomów, wykorzystuję techniki sekwencjonowania o wysokiej przepustowości (Illumina, Nanopore) i różne narzędzia bioinformatyczne.
W ciągu pierwszych dwóch lat mojego doktoratu scharakteryzowałem genomy Sulcii i Vidanii u trzech gatunków piewików z rodzaju Pyrops i omówiłem pochodzenie symbiontów betaproteobakteryjnych u Auchenorrhyncha (doi.org/10.1101/2022.12.07.519479). Obecnie badam niezwykłą fragmentację genomu Sulcii u piewików rodziny Delphacidae.

Ponadto rozwijam swoją wiedzę w zakresie filogenomiki, próbując zrekonstruować filogenezę globalnych gatunków motyli. W latach 2022/10-2022/12 odwiedziłem laboratorium prof. Niklasa Wahlberga w Lund i stworzyłem metodę pozwalającą na rekonstrukcję filogenomiki z danych metagenomicznych. W maju 2023 r. dołączyłem do kursu EMBO "Obliczeniowa ewolucja molekularna" w Grecji. Dowiedziałem się tam, jak interpretować modele stojące za różnymi narzędziami oraz jak stosować i wybierać właściwe narzędzia do różnych celów badań filogenetycznych.

Zapraszam do zapoznania się z moją stroną ORCID: https://orcid.org/0000-0003-3669-7172

Jestem też dostępny na Twitterze (X): @JunchenDeng